Метод молекулярного гидрофобного потенциала (МГП)МГП, известный также как МЛП (молекулярный липофильный потенциал), представляет собой эмпирический подход к детальной оценке и визуализации гидрофобных/гидрофильных свойств органических соединений и макромолекул. Формализм МГП основан на эмпирических атомных константах гидрофобности, которые получают из коэффициентов распределения разнообразных соединений между полярной и неполярной средой, обычно, между водой и н-октанолом [Furet et al., 1988; Ghose et al., 1998]. Подобно кулоновскому электростатическому потенциалу, предполагается убывание МГП с расстоянием. Тем не менее, универсального вида зависимости МГП от расстояния не предложено, и наиболее распространенным является использование экспоненциального затухания [Fauchère et al., 1988; Gaillard et al., 1994] или сглаженный ступенчатой функции, подобной потенциалу Ферми [Heiden, Moeckel & Brickmann, 1993].
Метод МГП широко применяется в различных областях молекулярного моделирования. Подробнее см. обзор об учете липофильных свойств в моделировании белков и компьютерном конструировании лекарств [Efremov et al., 2007]. Докинг и ранжирование комплексов белоклиганд. При связывании лиганда его гидрофобные участки экранируются от воды, образуя контакты с атомами центра связывания белка. Учет этого эффекта в функциях оценки межмолекулярных взаимодействий позволяет повысить точность предсказания структуры комплекса белок-лиганд с помощью молекулярного докинга [Pyrkov et al., 2007]. Трансмембранные α-спирали. Ранее, на основе МГП нами был разработан теоретический метод анализа пространственных полярных свойств мембранно-связанных пептидов и выявления участков связывания трансмембранных α-спиральных пептидов [Efremov et al., 1992ab; Efremov & Vergoten, 1995]. Указанный метод основан на визуализации полярных и неполярных свойств в двумерном представлении на поверхности спирали. Такие представления нашли применение в анализе белокбелковых взаимодействий в мембране [Vereschaga et al., 2005; Efremov et al., 2006]. Периферические мембранные пептиды и белки. Двумерные карты гидрфобных свойств также находят успешное применение при исследовании механизмов функционирования и конструировании периферических мембранных антимикробных пептидов [Volynsky et al., 2005; Polyansky et al., 2006]. См. также раздел про анализ гидрофобной организации белков. |
Адрес: 117997 Россия, Москва, ул. Миклухо-Маклая, д. 16/10. | © 2003–2007 |