 |   Среди основных направлений наших исследований — компьютерное моделирование мембранных и мембрано-активных пептидов и белков. Отдельное внимание уделяется разработке моделей сольватации белков в мембрано-имитирующем окружении. Мы работаем со следующими объектами: кардиотоксины, антимикробные и фузионные пептиды, семиспиральные трансмембранные рецепторы из семейства GPCR, трансмембранные димеры белков (гликофорин A, рецепторы тирозинкиназ и др.), сигнальные пептиды.
Основные цели: понимание взаимосвязи «пространственная структура–функция» для мембран и мембранных белков при помощи техники молекулярного моделирования.
Направления исследований:
- Разработка in silico технологий для направленного создания новых лекарств, действующих на биомембраны и мембранные белки;
- Мембранные пептиды и белки: структура, связывание с мембраной, моделирование функции;
- Гидрофобная/гидрофильная организация глобулярных и мембранных белков;
- Моделирование белков на основании гомологии;
- Компьютерная биоинженерия белков: конструирование функционально важных мутантных и химерных белков, de novo молекулярный дизайн новых биологически активных соединений с заданными свойствами.
- Список проектов →
Используемые методы:
- Методы Монте-Карло и молекулярной динамики в неявно и явно заданных средах (включая биомембраны);
- Предсказание трехмерной структуры белка, основанное на анализе аминокислотной последовательности и технике «протягивания»;
- Молекулярный докинг и предсказание активности;
- Квантово-химические расчеты;
- Расчеты молекулярного гидрофобного потенциала;
- Анализ электростатических взаимодействий в белках, оценка термостабильности.
Ознакомьтесь с нашими вычислительными ресурсами и программным обеспечением.
Узнайте, как связаться с нами. |
