Warning: session_start(): open(/var/lib/php5/sess_i0r1vnrrlmjla4rrdk0i470cv9vk5sm4, O_RDWR) failed: Read-only file system (30) in /srv/model/index.ru.phtml on line 2 Лаборатория Моделирования Биомолекулярных Систем
 Emblem  Лаборатория моделирования биомолекулярных систем  

Image on the about page

Фузионный пептид E5 в бислое из димиристоилфосфатидилхолина (DMPC). Глубокое встраивание пептида внутрь интерфейса мембраны в ходе МД-расчета приводит к вытеснению нескольких липидных молекул в водную фазу. Этот эффект вызван сильным электростатическим взаимодействием глутаматных остатков пептида (в частности, E11, E15, E19) с холиновыми группами липидов. Интерфейс вода–липиды схематически представлен серой плоскостью. Молекулы воды не показаны. (Volynsky et al., Biochemistry, 2005).

Среди основных направлений наших исследований — компьютерное моделирование мембранных и мембрано-активных пептидов и белков. Отдельное внимание уделяется разработке моделей сольватации белков в мембрано-имитирующем окружении. Мы работаем со следующими объектами: кардиотоксины, антимикробные и фузионные пептиды, семиспиральные трансмембранные рецепторы из семейства GPCR, трансмембранные димеры белков (гликофорин A, рецепторы тирозинкиназ и др.), сигнальные пептиды.

Основные цели: понимание взаимосвязи «пространственная структура–функция» для мембран и мембранных белков при помощи техники молекулярного моделирования.

Направления исследований:

  • Разработка in silico технологий для направленного создания новых лекарств, действующих на биомембраны и мембранные белки;
  • Мембранные пептиды и белки: структура, связывание с мембраной, моделирование функции;
  • Гидрофобная/гидрофильная организация глобулярных и мембранных белков;
  • Моделирование белков на основании гомологии;
  • Компьютерная биоинженерия белков: конструирование функционально важных мутантных и химерных белков, de novo молекулярный дизайн новых биологически активных соединений с заданными свойствами.
  • Список проектов →

Используемые методы:

  • Методы Монте-Карло и молекулярной динамики в неявно и явно заданных средах (включая биомембраны);
  • Предсказание трехмерной структуры белка, основанное на анализе аминокислотной последовательности и технике «протягивания»;
  • Молекулярный докинг и предсказание активности;
  • Квантово-химические расчеты;
  • Расчеты молекулярного гидрофобного потенциала;
  • Анализ электростатических взаимодействий в белках, оценка термостабильности.

Ознакомьтесь с нашими вычислительными ресурсами и программным обеспечением.

Узнайте, как связаться с нами.

Адрес: 117997 Россия, Москва, ул. Миклухо-Маклая, д. 16/10.
Тел.: +7 (495) 336-20-00.
Эл. почта: efremov@nmr.ru

© 2003–2007
batch2k.

Warning: Unknown: open(/var/lib/php5/sess_i0r1vnrrlmjla4rrdk0i470cv9vk5sm4, O_RDWR) failed: Read-only file system (30) in Unknown on line 0 Warning: Unknown: Failed to write session data (files). Please verify that the current setting of session.save_path is correct (/var/lib/php5) in Unknown on line 0